2025.10–2026.10
抗体计算设计
生物医药初创企业 · 博士研究实习
构建抗TSLP抗体CDR重设计流程，整合RFantibody/RFdiffusion、ProteinMPNN与结构预测；评价可信度、界面及排序一致性，向实验团队交付候选、Slurm工作流与技术报告。
研究
证据、数据与预测方法。
我的研究主线连接治疗肽证据挖掘、数据整合与机器学习，并通过合作项目拓展至抗体、蛋白质与小分子。
三个互补项目，不代表已完成统一端到端流程验证。
从文献中提取治疗肽证据
研究问题
如何从全文文献中提取治疗肽实体和活性测量记录，同时保留可追踪的证据关联？
方法与个人贡献
设计并实现检索、全文解析、内容路由、结构化抽取和证据关联；构建并标注Gold50基准，比较三种模型后端与两条处理流程。完成CLI与Agent Skill接口、评估及论文初稿。
结果与适用范围
Gold50包含50篇文献、165个肽实体和746条活性记录。冻结基准的全文流程（包含回退处理）记录级F1为0.843；衡量记录检出与匹配，而非所有字段准确率。
组织可溯源的治疗肽数据
研究问题
如何整合异质治疗肽数据，同时保留数据库汇总记录与一手文献证据之间的区别？
方法与个人贡献
主导已有数据库与PepMinerva文献抽取数据的整合；独立完成数据处理、后端服务、API与前端界面，并承担网站部署与维护。
结果与适用范围
2026年6月整合数据层包含82,224条肽记录和376,740条活性观察。这些是汇集的记录，并非项目新开展的实验。初版网站已上线，数据展示与字段修订、论文准备仍在进行。
融合序列与分子表征进行预测
研究问题
如何结合预训练序列与分子表征，实现DPP-IV抑制肽分类？
方法与个人贡献
整理肽数据，利用ESM-C与Uni-Mol2表征构建双分支卷积与门控融合模型；承担训练、对照与消融评价，完成Web前后端实现、部署和论文初稿。
结果与适用范围
在300条分层随机留出记录上，MCC为0.764、ROC AUC为0.963。这些是该划分下的计算分类结果，并非新设计肽活性的实验证明。2026年10月11日获ChemMedChem接收，尚未在线发表。
研究
跨分子类型的计算研究
2022.09–2026.09
蛋白结构与界面分析
三叶草生物 · 校企合作
分析蛋白构象及抗原—抗体界面，整理结构报告，开展AlphaFold2、分子动力学与蛋白成药性的理论介绍和实操培训。
2022.09–2025.07
荧光探针计算设计
MatC苹果酸探针 · 合作研究
参与Rosetta结合口袋突变设计与候选筛选，结合合作方荧光测量反馈开展迭代分析。
2023
小分子计算筛选
NMDA受体 · 计算生物学竞赛团队项目
参与GluN1/GluN3A靶向筛选。团队结合深度学习初筛、对接与MM/GBSA；实验反馈摘要中3个候选IC50低于100 μM，最低2.45 μM，仅作为后续复测线索。