关于与简历

研究方法,也构建工具。

博士研究期间主要围绕治疗肽开发机器学习方法与科研工具,将文献证据、可溯源数据和分子表征连接起来,结合计算方法研究与科研软件全栈开发。

Zhixing Zhang

教育背景

2022.09–2027.06

药学博士 · 预计2027年6月

华东理工大学

药学院,硕博连读。导师:唐贇教授。

课程成绩排名:同学院同届第1/255名;不含科研综合评价。

2018.09–2022.06

制药工程学士

北京化工大学

制药工程本科教育。

本科三年综合评价排名:3/80;综合课程成绩、科研与活动等表现。

研究与工程经历

除模型开发外,我也构建用户界面、API与计算工作流,让研究成果能够被实际使用。具有三年实验室计算基础设施管理经验,累计部署和管理20余个科研网站与服务。

管理1个主控节点、12个计算节点,其中4个GPU节点合计11张GPU。维护的admetSAR 1.0–3.0系列平台生命周期累计访问计数超过100万,3.0超过17万(截至2026年10月);数字不代表独立用户或个人新增流量。

admetSAR 3.0 ↗

跨分子类型的计算研究 ↗

方法与工具

我的技能覆盖小分子、多肽与蛋白质计算研究,并将数据工作流、科研软件全栈开发与计算平台运维衔接起来。

机器学习与科学编程

覆盖数据清洗、特征构建与预训练表征使用、预测模型开发、训练评价及可视化;在Bilingua中实现并评价肽序列与分子表征的融合。

方法与工具Python · PyTorch · ESM-C · Uni-Mol2

蛋白质及抗体计算设计

将骨架生成、序列设计与结构预测、候选评价连接起来;抗体项目涉及CDR重设计、多随机种子采样、界面分析与不同建模设置的比较,为实验优先级提供依据。

方法与工具RFantibody / RFdiffusion · ProteinMPNN · AlphaFold2/3 · RoseTTAFold2

跨分子类型的计算建模

具有小分子口袋分析与筛选、多肽活性及性质预测、蛋白质/抗体结构分析经历;使用对接与经验亲和力评分,参与Rosetta口袋设计,以及团队的Glide与MM/GBSA筛选流程。

方法与工具PyMOL · Rosetta · Schrödinger · HADDOCK · PRODIGY · Glide / MM/GBSA

文献挖掘与科研智能体

集成LLM API与提示词,构建结构化抽取、证据关联和多层质量评价工作流。PepMinerva覆盖检索、全文解析、路由、抽取和导出,并配套人工标注基准、CLI与Agent Skill接口。

方法与工具LLM APIs · Structured extraction · Benchmarking · CLI · Agent Skill

科研软件全栈开发

将数据处理、模型推理连接到后端服务、API和前端交互,独立开发与部署科研网站、Webserver及单机工具;PepDiana将保留来源的数据结构与网页、程序化访问连接起来。

方法与工具Data services · APIs · Web interfaces · Desktop applications

科研计算基础设施

具有三年Linux与CPU/GPU集群管理经验,编写Slurm批处理任务、配置Web服务器并维护服务;累计部署和管理20余个科研网站/服务,维护面向实验室成员的使用指南。

方法与工具Linux · Slurm · CPU/GPU clusters · Nginx / Apache

精选奖励

  • 2025 · 中国研究生数学建模竞赛二等奖
  • 2024、2023 · 中国研究生数学建模竞赛三等奖
  • 2023、2022 · 华东理工大学研究生一等学业奖学金
  • 2022 · 北京市优秀毕业生
  • 2020 · iGEM国际遗传工程机器大赛银奖 · 团队获奖
展开更多荣誉与活动 9

精选本科及研究生阶段荣誉;团队获奖单独注明。

  • 2023—2025 · 华东理工大学优秀学生干部、优秀社会工作奖
  • 2024 · 华东理工大学中石油奖学金
  • 2021 · 北京化工大学—化学工业出版社奖学金银奖
  • 2021 · 北京化工大学人民一等奖学金(2020—2021学年第二学期)
  • 2021 · “挑战杯”自然科学类校级三等奖
  • 2020 · 中国国际“互联网+”大学生创新创业大赛北京赛区三等奖 · 抗结核药项目,团队获奖
  • 2020 · 北京化工大学大学生创新创业训练项目优秀结题 · 抗结核药项目,团队成果
  • 2019 · 北京市大学生生物学知识竞赛二等奖
  • 2019 · 北京化工大学生命学院“萌芽杯”学术论文大赛综述类一等奖

语言

中文:母语。英语:通过大学英语六级。

联系我

欢迎交流研究。

我希望在分子、治疗肽或蛋白质计算设计领域开展研究,欢迎就研究、合作或工作机会与我联系。

2145573258@qq.com ↗