薬学 · 計算研究 · 研究ソフトウェア

ペプチドのエビデンスを、計算による探索へ。

博士課程では主に治療用ペプチドを対象に、文献エビデンス、出典を追跡できるデータ、分子表現を活用した機械学習手法と研究ツールを開発しています。計算研究とフルスタックのソフトウェア開発を組み合わせて取り組んでいます。

2027年6月博士号取得予定

01 / 研究内容

相互につながる3つの研究

論文からのエビデンス抽出、ペプチドデータの整理、予測ツールの構築に取り組んでいます。

研究内容を見る ↗
01 / エビデンス抽出査読中
PepMinerva — 文献から治療用ペプチドのエビデンスを抽出

PepMinerva

ペプチドの活性記録と出典のエビデンスを結び付ける文献抽出エージェント。

文献抽出 / LLMワークフロー↗
02 / データ基盤準備中
PepDiana — 出典を追跡できるペプチドデータの整備

PepDiana

ペプチド記録、活性の観測データ、出典情報を結ぶ治療用ペプチドデータベース。

データ来歴 / データベース / API↗
03 / 予測モデル採択済み
Bilingua-DPP-IV — 配列と分子の表現を統合した予測

Bilingua-DPP-IV

DPP-IV阻害ペプチドの二つのモダリティを用いた予測モデルと研究用ウェブサービス。

ESM-C / Uni-Mol2↗

02 / 研究 + 開発

研究を、利用できるツールへ。

モデル開発に加え、研究成果を利用できるようにするインターフェース、API、計算ワークフローを構築しています。研究室の計算基盤を3年間管理し、20件以上の研究用ウェブサイト・サービスの導入と運用に携わってきました。

Python / PyTorchWeb / APILinux / Slurm
プロフィール・CV ↗

03 / 研究業績

主な論文

すべての論文 ↗
2026採択済み

Bilingua-DPP-IV: A bimodal fusion convolutional neural network model for prediction of dipeptidyl peptidase IV inhibitory peptides

Zhixing Zhang, Qiule Yu, Chen Yang, Hao Duan, Jiaojiao Fang, Jiahao Xu, Changda Gong, Weihua Li, Guixia Liu, Yun Tang

ChemMedChem

2026年10月11日採択。オンライン公開前。

2026査読中

PepMinerva: an evidence-grounded agent for extracting experimentally validated therapeutic peptide activities from full-text literature

Zhixing Zhang, Chen Yang, Qiule Yu, Hao Duan, Jiaojiao Fang, Jiahao Xu, Weihua Li, Guixia Liu, Yun Tang

Protein Science

2024掲載済み

MedChatZH: A tuning LLM for traditional Chinese medicine consultations

Yang Tan†, Zhixing Zhang†, Mingchen Li†, Fei Pan, Hao Duan, Zijie Huang, Hua Deng, Zhuohang Yu, Chen Yang, Guoyang Shen, Peng Qi, Chengyuan Yue, Yuxian Liu, Liang Hong, Huiqun Yu, Guisheng Fan, Yun Tang

Computers in Biology and Medicine · 2024;172:108290.

共同筆頭著者(第2著者)

論文の掲載状況は2026年10月17日時点。

04 / 連絡先

研究についてのご連絡をお待ちしています。

分子、治療用ペプチド、タンパク質の計算設計に関する研究を希望しています。研究、共同研究、採用の機会について、お気軽にご連絡ください。

2145573258@qq.com